国家规定内部审计机构在行政上由部门、单位的主要负责人领导和管理；在业务上接受国家审计机关的指导。因此，内部审计的行为受到国家审计机关的牵制，在这个意义上说我国内部审计机构是从属于国家审计机关的。
在内部审计的组织形式方面，我国目前采用的组织形式主要有三种：（1）内部审计机构隶属于部门、单位的财会部门，由本单位、本部门的会计主管领导。这是一种不理想的组织形式，很难发挥内部审计应用的作用，不宜采用。（2）内部审计机构与部门、单位的其他职能部门平行，由部门、单位的总会计师或总经济师领导。这种组织形式使内部审计机构的独立性有所加强。但仍与内部审计的性质不相称，在审计时无力协调各职能部门之间的关系，审计难度大，因此也不是一种理想的形式。（3）内部审计机构由部门、单位的主要负责人直接领导，其地位和职权超越部门、单位的其它各职能部门。这种组织形式的独立性和权威性相对强一些，因此这种形式还是可取的。
内部审计的独立性包括了审计机构的独立性和审计人员的独立性。要保证内部审计机构的独立性，必须保证内部审计机构在地位上的独立性，并且应保证内部审计机构有相当的职权。另外，应该明确内部审计机构应负的责任，从义务与责任的角度来保证内部审计机构的独立性。内部审计人员的独立性是指内部审计工作人员在进行审计工作时保持独立的立场。包括独立地编制审计计划，独立地进行审计调查，独立地表达审计意见作出审计结论。要保证内部审计的独立性，最关键的还是要保证内部审计人员的素质，有精湛的业务水平，有深入细致的工作作风和灵活机动的工作方法，以及具有坚持原则、秉公办事的品质。只有这样，才能发挥内部审计应有的作用。