（一）违反财经法纪与经济犯罪的区别
违反财经法纪与经济犯罪的区分，关系到违纪责任人的罪与非罪的定性问题，意义极其重大。财经法纪包括财经纪律、财经法律和财经法规三部分。
财经纪律是指部门、系统或企业事业单位所制定的要求人们遵守的经济活动的规则。它通常是指各种规章制度、规定等等，它规定人们应该做什么或不应该做什么，引导人们经济行为的一致性和规范性。违反财经纪律的行为一般不会造成严重危害，所以，处理也以一般性的批评教育为主。
财经法律是指由国家立法机关制定或认可，并以其强制力保证实施的，要求人们从事经济活动必须遵守的行为规范。
财经法规是指由国务院颁布或由国务院批准颁布的具有法律效力的有关经济方面的规定、条例、实施细则等。违反财经法律、法规的行为统称为违法行为。违法行为是财经法纪审计的主要对象。
违法行为根据违法情节的程度不同，分为经济犯罪和一般违法行为。经济犯罪是指我国经济领域内严重危害社会利益，触犯刑律应受刑法处罚的行为。一般违法行为，则指违法情节轻微、危害不大的行为，它与违反财经法纪的行为一起构成违反财经法纪的行为。
由上可知，是否触犯刑律是划分违反财经法纪与经济犯罪的界限。
（二）财经法纪审计中的合理性与合法性的矛盾
在财经法纪审计中，要处理合理性与合法性的矛盾，一方面要依赖于法律、法规本身的严密、合理与健全程度，另一方面审计人员还应遵循下列两个原则：
1、合法性行为必须强调经济效益。
2、合理性行为必须强调社会效益。
最后要指出的是，合法性与合理性的矛盾仅是暂时现象，随着改革的不断深化，宏观控制调节机制的完善，国家法律、法规的健全，这种不合理现象将会逐步减少。